Dans les derniers jours d'octobre, le fils Othon est victime de la peste. Les parents se plient aux règles malgré leur souffrance: ils partiront en quarantaine et ne pourront pas accompagner leur enfant dans son agonie. Son agonie et sa mort, qui changeront le père Paneloux, réunissent égalament pour la première fois tous les personnages principaux.
Rieux décide de tester le sérum de Castel sur le fils Othon. Dès l'aube, Rieux, Castel et Tarrou veillent le malade. Grand, Rambert et Paneloux les rejoindront.
Rieux et Tarrou sont interpellés: « Ils avaient déjà vu mourir des enfants puisque la terreur, depuis des mois, ne choisissait pas, mais ils n'avaient jamais encore suivi leurs souffrances minute après minute, comme ils le faisaient depuis le matin. Et, bien entendu, la douleur infligée à ces innocents n'avait jamais cessé de leur paraître ce qu'elle était en vérité, c'est-à-dire un scandale. Mais jusque-là du moins, ils se scandalisent abstraitement, en quelque sorte, parce qu'ils n'avaient jamais regardé en face, si longuement, l'agonie d'un innocent. » (p.217)
Cette agonie est retranscrite de façon sobre et réaliste, mais il y a en même temps une dimension symbolique: les métaphores choisies pour évoquer l'agonie de l'enfant assimilent la peste et la fièvre aux forces de la nature: les images empruntées aux quatres éléments naturels en font un combat cosmique. Mais un enfant ne peut rien contre la fureur des éléments. La peste triomphe malgré la solidarité des hommes qui luttent contre la souffrance et la mort. Ainsi, l'impuissance de l'homme est pointée du doigt.
Le fils Othon est présenté comme une nouvelle version de Christ, son agonie comme une nouvelle Passion: « l'enfant prit dans le lit dévasté une pose de crucifié grotesque ». (p.218) En même temps, il y a une évocation symbolique de l'Enfer: on parle de l'épouvante de la flamme qui brûle. (p.218) On passe ici à une dimension universelle: le fils Othon n'a plus d'identité propre. Son agonie montre donc l'absurdité de la vie humaine puisque le fléau s'en prend aussi à des enfants innocents. Cette représentation symbolique de l'agonie met en lumière la faiblesse de l'enfant et la totale impuissance de l'homme face au mal.
Il n'y a en effet pas de rémission matinale, mais les médecins constatent que l'enfant résiste depuis plus longtemps qu'il n'est normal. Sur ce, le père Paneloux, qui défend que c'est Dieu qui décide de la vie et de la mort, dit: « S'il doit mourir, il aura souffert plus longtemps. » (p.218) Quant à Rieux, qui ne fait pas seulement son métier de médecin, mais aussi sont métier d'homme, il tente de le soutenir de toute sa force encore intacte. « Mais une minute réunies, les pulsations de leurs deux coeurs se désaccord[ent], l'enfant lui échapp[e] et son effort sombr[e] dans le vide. » (p.219)
Vers la fin de son agonie, le fils du juge d'instruction pousse « un cri continu, que la respiration nuan[ce] à peine, et qui emplit soudain la salle d'une protestation monotone discorde, et si peu humaine qu'elle semble venir de tous les hommes à la fois. » (p.219) Et tous les autres malades crient comme lui. Tandis que le père Paneloux, qui a dit 'Mon Dieu, sauvez cet enfant', prie, Rieux, accroché à sa barre de lit, ferme les yeux, ivre de fatique et de dégoût.
Rieux est indigné au point de s'en prendre à Paneloux. Etonné de la violence et de la colère de Rieux, Paneloux le rejoint et le confirme que pour lui aussi, ce spectacle était insupportable. Le médecin lui explique: « il y a des heures dans cette ville où je ne sens plus que ma révolte. » Et Paneloux: « Cela est révoltant parce que cela passe notre mesure. Mais peut-être devons-nous aimer ce que nous ne pouvons pas comprendre. » Rieux refuse cette vue des choses: « Je me fais une autre idée de l'amour. Et je refuserai jusqu'à la mort d'aimer cette création ou des enfants sont torturés. » (p.221) Le médecin conclut: « Nous travaillons ensemble pour quelque chose qui nous réunit au-delà des blasphèmes et des prières. Cela seul est important. » Et le père Paneloux le rejoint: « Oui, vous aussi vous travaillez pour le salut de l'homme. Rieux essaye de sourire: Le salut de l'homme est un trop grand mot pour moi. Je ne vais pas si loin. C'est la santé qui m'intéresse, sa santé d'abord. [...] Ce que je hais, c'est la mort et le mal, vous le savez bien. Et que vous le vouliez ou non, nous sommes ensemble pour les souffrir et les combattre. [...] Vous voyez, Dieu lui-même ne peut maintenant nous séparer. » (p.222) Après s'être faché contre le jésuite, le docteur Rieux se rapproche de lui en soulignant les points sur lesquels ils s'entendent.
(cf. voir Comparaison de quatre agonies différentes)